Formulario Desafío: NT65

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DESAFÍO UNIVERSIDAD - EMPRESA 2023

Esta necesidad tecnológica forma parte del Concurso de Proyectos de I+D+i y/o consultoría en colaboración Universidad – Empresa “Desafío Universidad Empresa” 2023 organizado por la Fundación Universidades y Enseñanzas Superiores de Castilla y León.

Referencia: NT65

Tipo de Entidad: Empresa

Título del proyecto

Identificación automatizada del genotipo den el locus PRNP (resistencia a scrapie) a partir de datos de genotipado por secuenciación

Acrónimo AutoScrapie

Resumen

Área de interés principal de la demanda

Agroalimentario: agricultura, ganadería e industria alimentaria - N/A

Elaboración de un paquete de R que permita, a partir del fichero de genotipado de 3K identificar de forma semi-automática el genotipo para el gen PRNP que determina la resistencia al scrapie en el ganado ovino. La primera la elaboración de una rutina script previo que permita la realización del genotipado supervisado.

Áreas de interés secundarias

N/A - N/A

DESCRIPCIÓN DE LA NECESIDAD DEMANDADA

1.- Descripción de la demanda tecnológica.

2.- Antecedentes.

La determinación de la resistencia a la enfermedad no deseada del Scrapie en ganado OVINO se realiza mediante la técnica de análisis de microsatelites de manera individual. Esto genera un cuello de botella en la determinación y su comunicación al ganadero y a las autoridades correspondientes.

Actualmente se está trabajando la utilización de la secuenciacion del ADN de dichos animales y tras la identificación de los marcadores que afectan a la determinación de dicha enfermedad no deseada, se requiere el procesamiento y la automatiazacion masiva de grandes cantidades de datos para poder ganar eficiencia en la toma de decisiones.

3.- Posibles enfoques del proyecto de investigación.

Este proyecto permitirá analizar gestionar volúmenes importantes de datos correspondientes a muchos animales que actualmente se está procesando individualmente. Esto requiere mucho tiempo y obliga a que los ganaderos e incluso las autoridades tengan que esperar por los resultados muchos tiempo (meses incluso)

Este proyecto reduce drásticamente los tiempo, utilizado nuevas tecnologías, secuenciacion masiva y la requerida automatización para el procesamiento de los resultados.

En cuanto al mercado de aplicación de este proyecto, podría afectar a todo el ganado de ovino en la zona de Castilla y León, para alcanzar otras zonas de España e incluso de Europa, principalmente en el área de influencia mediterránea, donde la gestión de los animales es similar a la que realiza aquí.

4.- Enfoques sin interés

liderar de forma importante la aplicación y el cambio tecnológico que supone sustiuir el uso de una tecnología antigua como son las determinaciones por Microsatelites para pasar a usar de manera efectiva la secuenciacion masiva del ADN en una especie de gran importancia tanto cultural como económica como es el ovino de Leche o Carne.

PALABRAS CLAVE: SCRAPIE genotipado SNPS AUTOMATIZACION GENETICA

Si desea remitir una propuesta de solución tecnológica (proyecto de investigación y/o consultoría) deberá remitirla en los terminos establecidos en la convocatoria hasta el 29 de enero de 2024 incluido (plazo ampliado).

Demanda Tecnológica en formato pdf: www.redtcue.es/desafio/demandas/nt65